Bản đồ Đông Nam Á năm 1609, sông Mekong và thượng nguồn của nó tại Vân Nam được người phương Tây gọi là Cochinchina (tức là Cochin Trung Quốc) để phân biệt với địa danh Cochin nằm ở bờ tây nam Ấn Độ (trong bản đồ).

Nguồn gốc tên gọi Cochinchine trong Pháp ngữ được các nhà nghiên cứu giải thích theo nhiều cách khác nhau. Tuy nhiên, giả thuyết phổ biến nhất trước đây, là tên gọi Cochin hay Cocin gốc từ Coci là phiên âm của chữ Giao Chỉ. Do sợ nhầm với thành phố cảng Ấn Độ Cochin, nên người phương Tây thêm hậu tố chine /china (Trung Hoa), ý nói Cochin gần Trung Hoa để phân biệt.

Theo Lý Đăng Thạnh, trong 'Lịch sử Đông Dương tập 7- Nước Việt thời Nam - Bắc phân tranh' (1994), thì tên gọi Cochinchine bao gồm hai từ tố là 'Cochin' và 'Chine'. Trong đó, Cochin có nguồn gốc từ tên gọi sông Koh Chin (កោះជីន), là một đoạn sông của Thủy Chân Lạp thuộc hệ thống sông Mekong (sông Cửu Long), chảy qua nhiều cù lao (đảo nhỏ trong châu thổ) từ địa phận thành phố Vĩnh Long ngày nay, qua các tỉnh Vĩnh Long, Bến Tre, Trà Vinh, rồi đổ ra biển Đông tại Cửa Koh Chin. Các nhà thám hiểm hàng hải châu Âu vào thế kỷ XV khi đến vùng đất đồng bằng sông Cửu Long để mua nước ngọt và lương thực, thực phẩm, có thể đã lấy tên cửa sông Koh Chin và sông Koh Chin của dải đất có cư dân đông đúc nhất đồng bằng sông Cửu Long thời ấy để gọi tên chung cho cả vùng đồng bằng sông Cửu Long là: Vùng Cochin. Do sợ nhầm với thành phố cảng Ấn Độ Cochin, nên người phương Tây thêm hậu tố chine vào thành Cochinchine. Tên gọi Cochinchine này sang đầu thế kỷ XVII có lúc đã được người Phương Tây đồng hóa với tên gọi toàn bộ dòng sông Mekong. Trong bản đồ Đông Nam Á năm 1609 (bên cạnh), có hai dòng chữ Cochinchine (in dòng lớn và dòng nhỏ) ở vị trí thuộc tỉnh Vân Nam ngày nay, tại thượng nguồn sông Mekong, mà rõ ràng không liên quan gì đến khu vực đồng bằng sông Hồng (Giao Chỉ cũ).

Tài liệu nói trên cũng trích dẫn một đoạn trong tác phẩm của học giả Lê Hương nhan đề ‘Việt Kiều ở Kampuchia’, do Nhà xuất bản Khai Trí ấn hành tại Sài Gòn năm 1971, nguyên văn tại cuối trang 10 như sau:  “Sau ngày 11-4-1970, Chính phủ Cao Miên trở thành một nước Cộng hòa, chấm dứt chế độ quân chủ 1.400 năm, báo chí Miên đả kích Hoàng gia cho rằng Quốc vương Chey Chetta II mê bà vợ Việt Nam tên ‘CÔ CHÍNH XINH’ mới làm mất phần đất ‘Cao Miên miền dưới’ (Kampuchéa Krom) chỉ miền Nam Việt Nam. Tài liệu Cao Miên cho rằng Công chúa Ngọc Vạn tên CÔ CHÍNH XINH nên vị quốc vương ấy mới đặt cho miền Nam và Pháp gọi là COCHINCHINE.” Và Lý Đăng Thạnh chú thêm là nếu việc đặt tên như thế  là có thật thì sẽ xảy ra sau năm 1620, vì đây là thời điểm mà nhiều tài liệu chép rằng là năm Công nữ Ngọc Vạn được cha là Chúa Sãi Nguyễn Phước Nguyên gả cho vua Cao Miên. Công nữ Nguyễn Phước Ngọc Vạn sinh khoảng năm 1605, mất sau năm 1658, là con gái thứ hai của Chúa Sãi, nhưng không rõ có phải là ‘người con thứ chín’ nếu tính cả các người con trai của Chúa Sãi hay không, hoặc là Bà còn có một tên gọi ‘thân mật’ là Cô Chính hay không. 

Đầu thế kỷ XVII, dưới thời Trịnh-Nguyễn phân tranh, nước Việt Nam phân đôi thành Đàng Trong và Đàng Ngoài, thì Cochinchine được người Phương Tây dùng để chỉ Đàng Trong, còn Tonkin chỉ Đàng Ngoài. Cuối thế kỷ XVII, Thống suất Nguyễn Hữu Cảnh khi vào thu phục vùng đồng bằng sông Cửu Long thì triều đình Đàng Trong đã gọi sông Koh Chin theo âm Hán-Việt là Cổ Chiên Giang (鼓栴江), và cửa sông Koh Chin là Cổ Chiên Môn (鼓栴门). Trên một số bản đồ cổ của Phương Tây in vào thế kỷ XVIII-XIX còn đọc Koh Chin bằng những âm khác như Kho Cin, Cocin. Coghien..., hoặc như bản đồ do Stielers Handatlas xuất bản vào tháng 8-1891 tại Đức còn ghi cửa sông Koh Chin là Ko-kien.

Sự việc có lẽ càng thêm rắc rối, khi vào khoảng thế kỷ XVII-XVIII tại Trung Hoa và Nhật Bản,còn xuất hiện và lưu truyền một số bức họa có tựa đề như: bức ‘Chu Ấn thuyền Giao Chỉ độ hàng quyển’ (vẽ cảnh tàu buôn Nhật Bản ở Đàng Trong), bức họa ‘Giao Chỉ quốc mậu dịch độ hải đồ’ (vẽ cảnh thương cảng Hội An)..., có thể khiến cho ta nghĩ là Vương quốc Cochinchine (Đàng Trong) có  liên quan đến cách dịch thành ‘Giao Chỉ Quốc’. Tuy nhiên, hầu như các tác giả Tây Phương đều dịch Cochinchine là Vương quốc Đàng Trong, chứ không phải là ‘Giao Chỉ Quốc’. Đối với các tác giả Hán ngữ (Trung Hoa, Nhật Bản) thời này, thường rất thông thạo lịch sử Trung Hoa và các cựu thuộc địa của nó, trong đó có các khái niệm 'Giao Chỉ Quận', 'Giao Chỉ Bộ'..., trong quá khứ, thì hầu như không 'thèm đếm xỉa gì' đến cách gọi Tonkin hay 'Cochinchine', mà khi nói đến Giao Chỉ đều hàm ý là lãnh thổ chung của người Việt mà trước hết là ở vùng châu thổ sông Hồng, rồi đến các miền có chung nền văn minh tương đồng ở xa hơn về phía Nam. Trong các tác phẩm thời này, các tác giả Nhật Bản, Trung Hoa đều gọi Giao Chỉ, hay An Nam chung cho cả Đàng Ngoài lẫn Đàng Trong. 

Đến thời Triều Nguyễn độc lập, người Pháp và người Việt làm việc cho Pháp (như Trương Vĩnh Ký) gọi Nam Kỳ là Basse Cochinchine, tương đương với tên gọi Nam Kỳ Lục tỉnh cùng thời. Giai đoạn Pháp chiếm Nam Kỳ (1867-1887), trước thời Pháp thuộc (1884-1945) người Pháp gọi Nam Kỳ Cochinchine Française (Nam Kỳ thuộc Pháp). Chỉ sau khi thành lập liên bang Đông Dương tên gọi Cochinchine mới dần dần chính thức được dùng để chỉ Nam Kỳ, trong khi Annam chỉ Trung Kỳ, còn Bắc Kỳ thì được gọi là Tonkin.